mirror of
https://github.com/HDFGroup/hdf5.git
synced 2026-09-25 04:09:44 +03:00
Develop clang format java (#1653)
This commit is contained in:
Allen Byrne
+425
-372
@@ -23,8 +23,8 @@ import java.io.File;
|
||||
import hdf.hdf5lib.H5;
|
||||
import hdf.hdf5lib.HDF5Constants;
|
||||
import hdf.hdf5lib.exceptions.HDF5Exception;
|
||||
import hdf.hdf5lib.exceptions.HDF5LibraryException;
|
||||
import hdf.hdf5lib.exceptions.HDF5FunctionArgumentException;
|
||||
import hdf.hdf5lib.exceptions.HDF5LibraryException;
|
||||
|
||||
import org.junit.After;
|
||||
import org.junit.Before;
|
||||
@@ -34,14 +34,16 @@ import org.junit.Test;
|
||||
import org.junit.rules.TestName;
|
||||
|
||||
public class TestH5Rref {
|
||||
@Rule public TestName testname = new TestName();
|
||||
@Rule
|
||||
public TestName testname = new TestName();
|
||||
private static final String H5_DREG_FILE = "trefer_reg.h5";
|
||||
private static final String H5_AREG_FILE = "trefer_attr.h5";
|
||||
long H5fid = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
long H5dsid = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
long H5did = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
long H5fid = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
long H5dsid = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
long H5did = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
|
||||
private boolean byteArrayCheck(final byte[] array) {
|
||||
private boolean byteArrayCheck(final byte[] array)
|
||||
{
|
||||
for (byte b : array) {
|
||||
if (b != 0) {
|
||||
return false;
|
||||
@@ -50,67 +52,81 @@ public class TestH5Rref {
|
||||
return true;
|
||||
}
|
||||
|
||||
public void openH5file(String filename, String dsetname) {
|
||||
try {
|
||||
H5fid = H5.H5Fopen(filename,
|
||||
HDF5Constants.H5F_ACC_RDONLY, HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("TestH5R._openH5file: " + err);
|
||||
}
|
||||
assertTrue("TestH5R._openH5file: H5.H5Fopen: ", H5fid >= 0);
|
||||
try {
|
||||
H5did = H5.H5Dopen(H5fid, dsetname, HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("TestH5R._openH5file: " + err);
|
||||
}
|
||||
assertTrue("TestH5R._openH5file: H5.H5Dopen: ", H5did >= 0);
|
||||
try {
|
||||
H5dsid = H5.H5Dget_space(H5did);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("TestH5R._openH5file: " + err);
|
||||
}
|
||||
assertTrue("TestH5R._openH5file: H5.H5Screate_simple: ",H5dsid > 0);
|
||||
public void openH5file(String filename, String dsetname)
|
||||
{
|
||||
try {
|
||||
H5fid = H5.H5Fopen(filename, HDF5Constants.H5F_ACC_RDONLY, HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("TestH5R._openH5file: " + err);
|
||||
}
|
||||
assertTrue("TestH5R._openH5file: H5.H5Fopen: ", H5fid >= 0);
|
||||
try {
|
||||
H5did = H5.H5Dopen(H5fid, dsetname, HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("TestH5R._openH5file: " + err);
|
||||
}
|
||||
assertTrue("TestH5R._openH5file: H5.H5Dopen: ", H5did >= 0);
|
||||
try {
|
||||
H5dsid = H5.H5Dget_space(H5did);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("TestH5R._openH5file: " + err);
|
||||
}
|
||||
assertTrue("TestH5R._openH5file: H5.H5Screate_simple: ", H5dsid > 0);
|
||||
}
|
||||
|
||||
@After
|
||||
public void closeH5file() throws HDF5LibraryException {
|
||||
public void closeH5file() throws HDF5LibraryException
|
||||
{
|
||||
if (H5did >= 0)
|
||||
try {H5.H5Dclose(H5did);} catch (Exception ex) {}
|
||||
try {
|
||||
H5.H5Dclose(H5did);
|
||||
}
|
||||
catch (Exception ex) {
|
||||
}
|
||||
if (H5dsid > 0)
|
||||
try {H5.H5Sclose(H5dsid);} catch (Exception ex) {}
|
||||
try {
|
||||
H5.H5Sclose(H5dsid);
|
||||
}
|
||||
catch (Exception ex) {
|
||||
}
|
||||
if (H5fid > 0)
|
||||
try {H5.H5Fclose(H5fid);} catch (Exception ex) {}
|
||||
H5fid = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
try {
|
||||
H5.H5Fclose(H5fid);
|
||||
}
|
||||
catch (Exception ex) {
|
||||
}
|
||||
H5fid = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
H5dsid = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
H5did = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
H5did = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
System.out.println();
|
||||
}
|
||||
|
||||
@Before
|
||||
public void verifyCount()
|
||||
throws NullPointerException, HDF5Exception {
|
||||
assertTrue("H5 open ids is 0", H5.getOpenIDCount()==0);
|
||||
public void verifyCount() throws NullPointerException, HDF5Exception
|
||||
{
|
||||
assertTrue("H5 open ids is 0", H5.getOpenIDCount() == 0);
|
||||
System.out.print(testname.getMethodName());
|
||||
}
|
||||
|
||||
// Test v1.12 APIs params
|
||||
|
||||
@Test
|
||||
public void testH5Rget_object() {
|
||||
int ref_type = HDF5Constants.H5R_OBJECT1;
|
||||
long f_type = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
int obj_type = -1;
|
||||
int ndims = 1;
|
||||
long ret_val = -1;
|
||||
public void testH5Rget_object()
|
||||
{
|
||||
int ref_type = HDF5Constants.H5R_OBJECT1;
|
||||
long f_type = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
int obj_type = -1;
|
||||
int ndims = 1;
|
||||
long ret_val = -1;
|
||||
byte[][] refbuf = null;
|
||||
String name = "";
|
||||
String objName = "/DS_NA";
|
||||
String name = "";
|
||||
String objName = "/DS_NA";
|
||||
|
||||
try {
|
||||
openH5file(H5_DREG_FILE, objName);
|
||||
@@ -120,18 +136,22 @@ public class TestH5Rref {
|
||||
fail("testH5Rget_object: openH5file: " + err);
|
||||
}
|
||||
try {
|
||||
f_type = H5.H5Dget_type(H5did);
|
||||
f_type = H5.H5Dget_type(H5did);
|
||||
int result = H5.H5Tget_class(f_type);
|
||||
assertTrue("testH5Rget_object: H5Tget_class", result > 0);
|
||||
String class_name = H5.H5Tget_class_name(result);
|
||||
assertTrue("testH5Rget_object: H5Tget_class", class_name.compareTo("H5T_REFERENCE")==0);
|
||||
assertTrue("testH5Rget_object: H5Tget_class", class_name.compareTo("H5T_REFERENCE") == 0);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_object: " + err);
|
||||
}
|
||||
finally {
|
||||
try {H5.H5Tclose(f_type);} catch (Exception ex) {}
|
||||
try {
|
||||
H5.H5Tclose(f_type);
|
||||
}
|
||||
catch (Exception ex) {
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
try {
|
||||
ndims = (int)H5.H5Sget_simple_extent_npoints(H5dsid);
|
||||
@@ -143,9 +163,8 @@ public class TestH5Rref {
|
||||
refbuf = new byte[ndims][HDF5Constants.H5R_REF_BUF_SIZE];
|
||||
// Read the reference from the dataset.
|
||||
try {
|
||||
H5.H5Dread(H5did, HDF5Constants.H5T_STD_REF,
|
||||
HDF5Constants.H5S_ALL, HDF5Constants.H5S_ALL,
|
||||
HDF5Constants.H5P_DEFAULT, refbuf);
|
||||
H5.H5Dread(H5did, HDF5Constants.H5T_STD_REF, HDF5Constants.H5S_ALL, HDF5Constants.H5S_ALL,
|
||||
HDF5Constants.H5P_DEFAULT, refbuf);
|
||||
}
|
||||
catch (Exception err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
@@ -155,7 +174,7 @@ public class TestH5Rref {
|
||||
for (int i = 0; i < ndims; i++) {
|
||||
try {
|
||||
ret_val = H5.H5Rget_type(refbuf[i]);
|
||||
assertTrue("testH5Rget_object: H5Rget_type["+i+"]="+ret_val, ret_val == ref_type);
|
||||
assertTrue("testH5Rget_object: H5Rget_type[" + i + "]=" + ret_val, ret_val == ref_type);
|
||||
if (!byteArrayCheck(refbuf[i])) {
|
||||
try {
|
||||
obj_type = H5.H5Rget_obj_type3(refbuf[i], HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||
@@ -178,14 +197,15 @@ public class TestH5Rref {
|
||||
}
|
||||
|
||||
@Test
|
||||
public void testH5Rget_obj_type3() {
|
||||
long f_type = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
int ref_type = HDF5Constants.H5R_DATASET_REGION2;
|
||||
int obj_type = -1;
|
||||
int ndims = 1;
|
||||
long ret_val = -1;
|
||||
public void testH5Rget_obj_type3()
|
||||
{
|
||||
long f_type = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
int ref_type = HDF5Constants.H5R_DATASET_REGION2;
|
||||
int obj_type = -1;
|
||||
int ndims = 1;
|
||||
long ret_val = -1;
|
||||
byte[][] refbuf = null;
|
||||
String objName = "/Dataset1";
|
||||
String objName = "/Dataset1";
|
||||
|
||||
try {
|
||||
openH5file(H5_DREG_FILE, objName);
|
||||
@@ -195,18 +215,23 @@ public class TestH5Rref {
|
||||
fail("testH5Rget_obj_type3: openH5file: " + err);
|
||||
}
|
||||
try {
|
||||
f_type = H5.H5Dget_type(H5did);
|
||||
f_type = H5.H5Dget_type(H5did);
|
||||
int result = H5.H5Tget_class(f_type);
|
||||
assertTrue("testH5Rget_obj_type3: H5Tget_class", result > 0);
|
||||
String class_name = H5.H5Tget_class_name(result);
|
||||
assertTrue("testH5Rget_obj_type3: H5Tget_class="+class_name, class_name.compareTo("H5T_REFERENCE")==0);
|
||||
assertTrue("testH5Rget_obj_type3: H5Tget_class=" + class_name,
|
||||
class_name.compareTo("H5T_REFERENCE") == 0);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_obj_type3: " + err);
|
||||
}
|
||||
finally {
|
||||
try {H5.H5Tclose(f_type);} catch (Exception ex) {}
|
||||
try {
|
||||
H5.H5Tclose(f_type);
|
||||
}
|
||||
catch (Exception ex) {
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
try {
|
||||
ndims = (int)H5.H5Sget_simple_extent_npoints(H5dsid);
|
||||
@@ -218,9 +243,8 @@ public class TestH5Rref {
|
||||
refbuf = new byte[ndims][HDF5Constants.H5R_REF_BUF_SIZE];
|
||||
// Read the reference from the dataset.
|
||||
try {
|
||||
H5.H5Dread(H5did, HDF5Constants.H5T_STD_REF,
|
||||
HDF5Constants.H5S_ALL, HDF5Constants.H5S_ALL,
|
||||
HDF5Constants.H5P_DEFAULT, refbuf);
|
||||
H5.H5Dread(H5did, HDF5Constants.H5T_STD_REF, HDF5Constants.H5S_ALL, HDF5Constants.H5S_ALL,
|
||||
HDF5Constants.H5P_DEFAULT, refbuf);
|
||||
}
|
||||
catch (Exception err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
@@ -230,7 +254,7 @@ public class TestH5Rref {
|
||||
for (int i = 0; i < ndims; i++) {
|
||||
try {
|
||||
ret_val = H5.H5Rget_type(refbuf[i]);
|
||||
assertTrue("testH5Rget_obj_type3: H5Rget_type["+i+"]="+ret_val, ret_val == ref_type);
|
||||
assertTrue("testH5Rget_obj_type3: H5Rget_type[" + i + "]=" + ret_val, ret_val == ref_type);
|
||||
if (!byteArrayCheck(refbuf[i])) {
|
||||
try {
|
||||
obj_type = H5.H5Rget_obj_type3(refbuf[i], HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||
@@ -252,312 +276,341 @@ public class TestH5Rref {
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
@Test
|
||||
public void testH5Rget_region_dataset() {
|
||||
long f_type = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
long loc_id = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
long loc_sid = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
int ref_type = HDF5Constants.H5R_DATASET_REGION2;
|
||||
int ndims = 1;
|
||||
long ret_val = -1;
|
||||
byte[][] refbuf = null;
|
||||
String name = "";
|
||||
String objName = "/Dataset1";
|
||||
@Test
|
||||
public void testH5Rget_region_dataset()
|
||||
{
|
||||
long f_type = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
long loc_id = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
long loc_sid = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
int ref_type = HDF5Constants.H5R_DATASET_REGION2;
|
||||
int ndims = 1;
|
||||
long ret_val = -1;
|
||||
byte[][] refbuf = null;
|
||||
String name = "";
|
||||
String objName = "/Dataset1";
|
||||
|
||||
try {
|
||||
openH5file(H5_DREG_FILE, objName);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_dataset: openH5file: " + err);
|
||||
}
|
||||
try {
|
||||
f_type = H5.H5Dget_type(H5did);
|
||||
int result = H5.H5Tget_class(f_type);
|
||||
assertTrue("testH5Rget_region_dataset: H5Tget_class", result > 0);
|
||||
String class_name = H5.H5Tget_class_name(result);
|
||||
assertTrue("testH5Rget_region_dataset: H5Tget_class="+class_name, class_name.compareTo("H5T_REFERENCE")==0);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_dataset: " + err);
|
||||
}
|
||||
finally {
|
||||
try {H5.H5Tclose(f_type);} catch (Exception ex) {}
|
||||
}
|
||||
try {
|
||||
ndims = (int)H5.H5Sget_simple_extent_npoints(H5dsid);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_dataset: H5Sget_simple_extent_ndims: " + err);
|
||||
}
|
||||
refbuf = new byte[ndims][HDF5Constants.H5R_REF_BUF_SIZE];
|
||||
// Read the reference from the dataset.
|
||||
try {
|
||||
H5.H5Dread(H5did, HDF5Constants.H5T_STD_REF,
|
||||
HDF5Constants.H5S_ALL, HDF5Constants.H5S_ALL,
|
||||
HDF5Constants.H5P_DEFAULT, refbuf);
|
||||
}
|
||||
catch (Exception err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_obj_type3: H5Dread: " + err);
|
||||
}
|
||||
for (int i = 0; i < ndims; i++) {
|
||||
try {
|
||||
try {
|
||||
ret_val = H5.H5Rget_type(refbuf[i]);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_dataset: H5Rget_type["+i+"]: " + err);
|
||||
}
|
||||
assertTrue("testH5Rget_region_dataset: H5Rget_type["+i+"]="+ret_val, ret_val == ref_type);
|
||||
try {
|
||||
loc_id = H5.H5Ropen_object(refbuf[i], HDF5Constants.H5P_DEFAULT, HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||
assertTrue(loc_id >= 0);
|
||||
try {
|
||||
loc_sid = H5.H5Ropen_region(refbuf[i], HDF5Constants.H5P_DEFAULT, HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||
assertTrue(loc_sid >= 0);
|
||||
int region_type = -1;
|
||||
try {
|
||||
int reg_ndims = H5.H5Sget_simple_extent_ndims(loc_sid);
|
||||
region_type = H5.H5Sget_select_type(loc_sid);
|
||||
if (i == 1)
|
||||
assertTrue(region_type == HDF5Constants.H5S_SEL_POINTS);
|
||||
else
|
||||
assertTrue(region_type == HDF5Constants.H5S_SEL_HYPERSLABS);
|
||||
if (region_type == HDF5Constants.H5S_SEL_POINTS) {
|
||||
long reg_npoints = H5.H5Sget_select_elem_npoints(loc_sid);
|
||||
// Coordinates for get point selection
|
||||
long getcoord[] = new long[reg_ndims * (int)reg_npoints];
|
||||
// Known coordinates for point selection
|
||||
long coord[][] = {{6,9},{2,2},{8,4},{1,6},{2,8},{3,2},
|
||||
{0,4},{9,0},{7,1},{3,3}};
|
||||
try {
|
||||
H5.H5Sget_select_elem_pointlist(loc_sid, 0, reg_npoints, getcoord);
|
||||
assertTrue("H5.H5Sget_select_elem_pointlist", coord[0][0] == getcoord[0]);
|
||||
assertTrue("H5.H5Sget_select_elem_pointlist", coord[0][1] == getcoord[1]);
|
||||
assertTrue("H5.H5Sget_select_elem_pointlist", coord[1][0] == getcoord[2]);
|
||||
assertTrue("H5.H5Sget_select_elem_pointlist", coord[1][1] == getcoord[3]);
|
||||
assertTrue("H5.H5Sget_select_elem_pointlist", coord[2][0] == getcoord[4]);
|
||||
assertTrue("H5.H5Sget_select_elem_pointlist", coord[2][1] == getcoord[5]);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err3) {
|
||||
err3.printStackTrace();
|
||||
fail("H5.H5Sget_select_elem_pointlist: " + err3);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
else if (region_type == HDF5Constants.H5S_SEL_HYPERSLABS) {
|
||||
long reg_nblocks = H5.H5Sget_select_hyper_nblocks(loc_sid);
|
||||
assertTrue("H5Sget_select_hyper_nblocks", reg_nblocks == 1);
|
||||
// Coordinates for get block selection
|
||||
long getblocks[] = new long[reg_ndims * (int)reg_nblocks * 2];
|
||||
long start[] = {2,2};
|
||||
long block[] = {8,8};
|
||||
try {
|
||||
H5.H5Sget_select_hyper_blocklist(loc_sid, 0, reg_nblocks, getblocks);
|
||||
assertTrue("H5.H5Sget_select_hyper_blocklist", start[0] == getblocks[0]);
|
||||
assertTrue("H5.H5Sget_select_hyper_blocklist", start[1] == getblocks[1]);
|
||||
assertTrue("H5.H5Sget_select_hyper_blocklist", (block[0]-1) == getblocks[2]);
|
||||
assertTrue("H5.H5Sget_select_hyper_blocklist", (block[1]-1) == getblocks[3]);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err3) {
|
||||
err3.printStackTrace();
|
||||
fail("H5.H5Sget_select_hyper_blocklist: " + err3);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err2) {
|
||||
err2.printStackTrace();
|
||||
assertTrue("testH5Rget_region_dataset: H5Sget_select_type: " + err2, i > 1);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err1) {
|
||||
err1.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_dataset: " + err1);
|
||||
}
|
||||
finally {
|
||||
try {H5.H5Sclose(loc_sid);} catch (Exception ex) {}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err0) {
|
||||
err0.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_dataset: " + err0);
|
||||
}
|
||||
finally {
|
||||
try {H5.H5Dclose(loc_id);} catch (Exception ex) {}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_dataset: H5Rget_type: " + err);
|
||||
}
|
||||
finally {
|
||||
H5.H5Rdestroy(refbuf[i]);
|
||||
}
|
||||
} //for (int i = 0; i < ndims; i++)
|
||||
}
|
||||
try {
|
||||
openH5file(H5_DREG_FILE, objName);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_dataset: openH5file: " + err);
|
||||
}
|
||||
try {
|
||||
f_type = H5.H5Dget_type(H5did);
|
||||
int result = H5.H5Tget_class(f_type);
|
||||
assertTrue("testH5Rget_region_dataset: H5Tget_class", result > 0);
|
||||
String class_name = H5.H5Tget_class_name(result);
|
||||
assertTrue("testH5Rget_region_dataset: H5Tget_class=" + class_name,
|
||||
class_name.compareTo("H5T_REFERENCE") == 0);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_dataset: " + err);
|
||||
}
|
||||
finally {
|
||||
try {
|
||||
H5.H5Tclose(f_type);
|
||||
}
|
||||
catch (Exception ex) {
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
try {
|
||||
ndims = (int)H5.H5Sget_simple_extent_npoints(H5dsid);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_dataset: H5Sget_simple_extent_ndims: " + err);
|
||||
}
|
||||
refbuf = new byte[ndims][HDF5Constants.H5R_REF_BUF_SIZE];
|
||||
// Read the reference from the dataset.
|
||||
try {
|
||||
H5.H5Dread(H5did, HDF5Constants.H5T_STD_REF, HDF5Constants.H5S_ALL, HDF5Constants.H5S_ALL,
|
||||
HDF5Constants.H5P_DEFAULT, refbuf);
|
||||
}
|
||||
catch (Exception err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_obj_type3: H5Dread: " + err);
|
||||
}
|
||||
for (int i = 0; i < ndims; i++) {
|
||||
try {
|
||||
try {
|
||||
ret_val = H5.H5Rget_type(refbuf[i]);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_dataset: H5Rget_type[" + i + "]: " + err);
|
||||
}
|
||||
assertTrue("testH5Rget_region_dataset: H5Rget_type[" + i + "]=" + ret_val,
|
||||
ret_val == ref_type);
|
||||
try {
|
||||
loc_id =
|
||||
H5.H5Ropen_object(refbuf[i], HDF5Constants.H5P_DEFAULT, HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||
assertTrue(loc_id >= 0);
|
||||
try {
|
||||
loc_sid = H5.H5Ropen_region(refbuf[i], HDF5Constants.H5P_DEFAULT,
|
||||
HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||
assertTrue(loc_sid >= 0);
|
||||
int region_type = -1;
|
||||
try {
|
||||
int reg_ndims = H5.H5Sget_simple_extent_ndims(loc_sid);
|
||||
region_type = H5.H5Sget_select_type(loc_sid);
|
||||
if (i == 1)
|
||||
assertTrue(region_type == HDF5Constants.H5S_SEL_POINTS);
|
||||
else
|
||||
assertTrue(region_type == HDF5Constants.H5S_SEL_HYPERSLABS);
|
||||
if (region_type == HDF5Constants.H5S_SEL_POINTS) {
|
||||
long reg_npoints = H5.H5Sget_select_elem_npoints(loc_sid);
|
||||
// Coordinates for get point selection
|
||||
long getcoord[] = new long[reg_ndims * (int)reg_npoints];
|
||||
// Known coordinates for point selection
|
||||
long coord[][] = {{6, 9}, {2, 2}, {8, 4}, {1, 6}, {2, 8},
|
||||
{3, 2}, {0, 4}, {9, 0}, {7, 1}, {3, 3}};
|
||||
try {
|
||||
H5.H5Sget_select_elem_pointlist(loc_sid, 0, reg_npoints, getcoord);
|
||||
assertTrue("H5.H5Sget_select_elem_pointlist", coord[0][0] == getcoord[0]);
|
||||
assertTrue("H5.H5Sget_select_elem_pointlist", coord[0][1] == getcoord[1]);
|
||||
assertTrue("H5.H5Sget_select_elem_pointlist", coord[1][0] == getcoord[2]);
|
||||
assertTrue("H5.H5Sget_select_elem_pointlist", coord[1][1] == getcoord[3]);
|
||||
assertTrue("H5.H5Sget_select_elem_pointlist", coord[2][0] == getcoord[4]);
|
||||
assertTrue("H5.H5Sget_select_elem_pointlist", coord[2][1] == getcoord[5]);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err3) {
|
||||
err3.printStackTrace();
|
||||
fail("H5.H5Sget_select_elem_pointlist: " + err3);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
else if (region_type == HDF5Constants.H5S_SEL_HYPERSLABS) {
|
||||
long reg_nblocks = H5.H5Sget_select_hyper_nblocks(loc_sid);
|
||||
assertTrue("H5Sget_select_hyper_nblocks", reg_nblocks == 1);
|
||||
// Coordinates for get block selection
|
||||
long getblocks[] = new long[reg_ndims * (int)reg_nblocks * 2];
|
||||
long start[] = {2, 2};
|
||||
long block[] = {8, 8};
|
||||
try {
|
||||
H5.H5Sget_select_hyper_blocklist(loc_sid, 0, reg_nblocks, getblocks);
|
||||
assertTrue("H5.H5Sget_select_hyper_blocklist", start[0] == getblocks[0]);
|
||||
assertTrue("H5.H5Sget_select_hyper_blocklist", start[1] == getblocks[1]);
|
||||
assertTrue("H5.H5Sget_select_hyper_blocklist",
|
||||
(block[0] - 1) == getblocks[2]);
|
||||
assertTrue("H5.H5Sget_select_hyper_blocklist",
|
||||
(block[1] - 1) == getblocks[3]);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err3) {
|
||||
err3.printStackTrace();
|
||||
fail("H5.H5Sget_select_hyper_blocklist: " + err3);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err2) {
|
||||
err2.printStackTrace();
|
||||
assertTrue("testH5Rget_region_dataset: H5Sget_select_type: " + err2, i > 1);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err1) {
|
||||
err1.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_dataset: " + err1);
|
||||
}
|
||||
finally {
|
||||
try {
|
||||
H5.H5Sclose(loc_sid);
|
||||
}
|
||||
catch (Exception ex) {
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err0) {
|
||||
err0.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_dataset: " + err0);
|
||||
}
|
||||
finally {
|
||||
try {
|
||||
H5.H5Dclose(loc_id);
|
||||
}
|
||||
catch (Exception ex) {
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_dataset: H5Rget_type: " + err);
|
||||
}
|
||||
finally {
|
||||
H5.H5Rdestroy(refbuf[i]);
|
||||
}
|
||||
} // for (int i = 0; i < ndims; i++)
|
||||
}
|
||||
|
||||
@Test
|
||||
public void testH5Rget_region_attribute() {
|
||||
long f_type = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
long loc_id = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
long loc_sid = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
int ref_type = HDF5Constants.H5R_ATTR;
|
||||
int obj_type = -1;
|
||||
int ndims = 1;
|
||||
long ret_val = -1;
|
||||
byte[][] refbuf = null;
|
||||
String objName = "/Dataset3";
|
||||
@Test
|
||||
public void testH5Rget_region_attribute()
|
||||
{
|
||||
long f_type = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
long loc_id = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
long loc_sid = HDF5Constants.H5I_INVALID_HID;
|
||||
int ref_type = HDF5Constants.H5R_ATTR;
|
||||
int obj_type = -1;
|
||||
int ndims = 1;
|
||||
long ret_val = -1;
|
||||
byte[][] refbuf = null;
|
||||
String objName = "/Dataset3";
|
||||
|
||||
try {
|
||||
openH5file(H5_AREG_FILE, objName);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_attribute: openH5file: " + err);
|
||||
}
|
||||
try {
|
||||
f_type = H5.H5Dget_type(H5did);
|
||||
int result = H5.H5Tget_class(f_type);
|
||||
assertTrue("testH5Rget_region_attribute: H5Tget_class", result > 0);
|
||||
String class_name = H5.H5Tget_class_name(result);
|
||||
assertTrue("testH5Rget_region_attribute: H5Tget_class="+class_name, class_name.compareTo("H5T_REFERENCE")==0);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_attribute: " + err);
|
||||
}
|
||||
finally {
|
||||
try {H5.H5Tclose(f_type);} catch (Exception ex) {}
|
||||
}
|
||||
try {
|
||||
ndims = (int)H5.H5Sget_simple_extent_npoints(H5dsid);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_attribute: H5Sget_simple_extent_ndims: " + err);
|
||||
}
|
||||
refbuf = new byte[ndims][HDF5Constants.H5R_REF_BUF_SIZE];
|
||||
// Read the reference from the dataset.
|
||||
try {
|
||||
H5.H5Dread(H5did, HDF5Constants.H5T_STD_REF,
|
||||
HDF5Constants.H5S_ALL, HDF5Constants.H5S_ALL,
|
||||
HDF5Constants.H5P_DEFAULT, refbuf);
|
||||
}
|
||||
catch (Exception err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_attribute: H5Dread: " + err);
|
||||
}
|
||||
try {
|
||||
openH5file(H5_AREG_FILE, objName);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_attribute: openH5file: " + err);
|
||||
}
|
||||
try {
|
||||
f_type = H5.H5Dget_type(H5did);
|
||||
int result = H5.H5Tget_class(f_type);
|
||||
assertTrue("testH5Rget_region_attribute: H5Tget_class", result > 0);
|
||||
String class_name = H5.H5Tget_class_name(result);
|
||||
assertTrue("testH5Rget_region_attribute: H5Tget_class=" + class_name,
|
||||
class_name.compareTo("H5T_REFERENCE") == 0);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_attribute: " + err);
|
||||
}
|
||||
finally {
|
||||
try {
|
||||
H5.H5Tclose(f_type);
|
||||
}
|
||||
catch (Exception ex) {
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
try {
|
||||
ndims = (int)H5.H5Sget_simple_extent_npoints(H5dsid);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_attribute: H5Sget_simple_extent_ndims: " + err);
|
||||
}
|
||||
refbuf = new byte[ndims][HDF5Constants.H5R_REF_BUF_SIZE];
|
||||
// Read the reference from the dataset.
|
||||
try {
|
||||
H5.H5Dread(H5did, HDF5Constants.H5T_STD_REF, HDF5Constants.H5S_ALL, HDF5Constants.H5S_ALL,
|
||||
HDF5Constants.H5P_DEFAULT, refbuf);
|
||||
}
|
||||
catch (Exception err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_attribute: H5Dread: " + err);
|
||||
}
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < ndims; i++) {
|
||||
try {
|
||||
ret_val = H5.H5Rget_type(refbuf[i]);
|
||||
assertTrue("testH5Rget_region_attribute: H5Rget_type["+i+"]="+ret_val, ret_val == ref_type);
|
||||
try {
|
||||
loc_id = H5.H5Ropen_attr(refbuf[i], HDF5Constants.H5P_DEFAULT, HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||
assertTrue(loc_id >= 0);
|
||||
if (!byteArrayCheck(refbuf[i])) {
|
||||
try {
|
||||
loc_sid = H5.H5Aget_space(loc_id);
|
||||
assertTrue(loc_sid >= 0);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err1) {
|
||||
err1.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_attribute: " + err1);
|
||||
}
|
||||
finally {
|
||||
try {H5.H5Sclose(loc_sid);} catch (Exception ex) {}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err0) {
|
||||
err0.printStackTrace();
|
||||
// second attribute is null
|
||||
assertTrue("testH5Rget_region_attribute: " + err0, i == 1);
|
||||
}
|
||||
finally {
|
||||
try {H5.H5Aclose(loc_id);} catch (Exception ex) {}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_attribute: H5Rget_type: " + err);
|
||||
}
|
||||
finally {
|
||||
H5.H5Rdestroy(refbuf[i]);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
for (int i = 0; i < ndims; i++) {
|
||||
try {
|
||||
ret_val = H5.H5Rget_type(refbuf[i]);
|
||||
assertTrue("testH5Rget_region_attribute: H5Rget_type[" + i + "]=" + ret_val,
|
||||
ret_val == ref_type);
|
||||
try {
|
||||
loc_id = H5.H5Ropen_attr(refbuf[i], HDF5Constants.H5P_DEFAULT, HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||
assertTrue(loc_id >= 0);
|
||||
if (!byteArrayCheck(refbuf[i])) {
|
||||
try {
|
||||
loc_sid = H5.H5Aget_space(loc_id);
|
||||
assertTrue(loc_sid >= 0);
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err1) {
|
||||
err1.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_attribute: " + err1);
|
||||
}
|
||||
finally {
|
||||
try {
|
||||
H5.H5Sclose(loc_sid);
|
||||
}
|
||||
catch (Exception ex) {
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err0) {
|
||||
err0.printStackTrace();
|
||||
// second attribute is null
|
||||
assertTrue("testH5Rget_region_attribute: " + err0, i == 1);
|
||||
}
|
||||
finally {
|
||||
try {
|
||||
H5.H5Aclose(loc_id);
|
||||
}
|
||||
catch (Exception ex) {
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
catch (Throwable err) {
|
||||
err.printStackTrace();
|
||||
fail("testH5Rget_region_attribute: H5Rget_type: " + err);
|
||||
}
|
||||
finally {
|
||||
H5.H5Rdestroy(refbuf[i]);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
// These tests need to be updated with new APIs
|
||||
// @Test//
|
||||
// public void testH5Rget_group() {
|
||||
// long loc_id = H5fid;
|
||||
// int ref_type = HDF5Constants.H5R_OBJECT2;
|
||||
// long ret_val = -1;
|
||||
// byte[] ref = null;
|
||||
// String name = "";
|
||||
// String objName = "/dset";
|
||||
//
|
||||
// try {
|
||||
// ref = H5.H5Rcreate_object(H5fid, objName, HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||
// }
|
||||
// catch (Throwable err) {
|
||||
// err.printStackTrace();
|
||||
// fail("testH5Rget_object: H5Rcreate_object " + err);
|
||||
// }
|
||||
// try {
|
||||
// dataset_id= H5.H5Rdereference(H5fid, HDF5Constants.H5P_DEFAULT,
|
||||
// HDF5Constants.H5R_DATASET_REGION, ref1);
|
||||
//
|
||||
// //Create reference on group
|
||||
// ref2 = H5.H5Rcreate(H5gid, "/Group1", HDF5Constants.H5R_OBJECT, -1);
|
||||
// group_id= H5.H5Rdereference(H5gid, HDF5Constants.H5P_DEFAULT, HDF5Constants.H5R_OBJECT,
|
||||
// ref2); assertNotNull(ref1); assertNotNull(ref2); assertTrue(dataset_id >= 0);
|
||||
// assertTrue(group_id >= 0);
|
||||
// }
|
||||
// catch (Throwable err) {
|
||||
// err.printStackTrace();
|
||||
// fail("TestH5Rdereference " + err);
|
||||
// }
|
||||
// finally {
|
||||
// try {H5.H5Dclose(dataset_id);} catch (Exception ex) {}
|
||||
// try {H5.H5Gclose(group_id);} catch (Exception ex) {}
|
||||
// }
|
||||
// }
|
||||
|
||||
// These tests need to be updated with new APIs
|
||||
// @Test//
|
||||
// public void testH5Rget_group() {
|
||||
// long loc_id = H5fid;
|
||||
// int ref_type = HDF5Constants.H5R_OBJECT2;
|
||||
// long ret_val = -1;
|
||||
// byte[] ref = null;
|
||||
// String name = "";
|
||||
// String objName = "/dset";
|
||||
//
|
||||
// try {
|
||||
// ref = H5.H5Rcreate_object(H5fid, objName, HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||
// }
|
||||
// catch (Throwable err) {
|
||||
// err.printStackTrace();
|
||||
// fail("testH5Rget_object: H5Rcreate_object " + err);
|
||||
// }
|
||||
// try {
|
||||
// dataset_id= H5.H5Rdereference(H5fid, HDF5Constants.H5P_DEFAULT, HDF5Constants.H5R_DATASET_REGION, ref1);
|
||||
//
|
||||
// //Create reference on group
|
||||
// ref2 = H5.H5Rcreate(H5gid, "/Group1", HDF5Constants.H5R_OBJECT, -1);
|
||||
// group_id= H5.H5Rdereference(H5gid, HDF5Constants.H5P_DEFAULT, HDF5Constants.H5R_OBJECT, ref2);
|
||||
// assertNotNull(ref1);
|
||||
// assertNotNull(ref2);
|
||||
// assertTrue(dataset_id >= 0);
|
||||
// assertTrue(group_id >= 0);
|
||||
// }
|
||||
// catch (Throwable err) {
|
||||
// err.printStackTrace();
|
||||
// fail("TestH5Rdereference " + err);
|
||||
// }
|
||||
// finally {
|
||||
// try {H5.H5Dclose(dataset_id);} catch (Exception ex) {}
|
||||
// try {H5.H5Gclose(group_id);} catch (Exception ex) {}
|
||||
// }
|
||||
// }
|
||||
|
||||
// @Test//
|
||||
// public void testH5Rget_attr() {
|
||||
// long loc_id = H5fid;
|
||||
// int ref_type = HDF5Constants.H5R_OBJECT2;
|
||||
// long ret_val = -1;
|
||||
// byte[] ref = null;
|
||||
// String name = "";
|
||||
// String objName = "/dset";
|
||||
//
|
||||
// try {
|
||||
// ref = H5.H5Rcreate_object(H5fid, objName, HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||
// }
|
||||
// catch (Throwable err) {
|
||||
// err.printStackTrace();
|
||||
// fail("testH5Rget_object: H5Rcreate_object " + err);
|
||||
// }
|
||||
// try {
|
||||
// dsid = H5.H5Rget_region(H5fid, HDF5Constants.H5R_DATASET_REGION, ref);
|
||||
// assertNotNull(ref);
|
||||
// assertTrue(dsid >= 0);
|
||||
// }
|
||||
// catch (Throwable err) {
|
||||
// err.printStackTrace();
|
||||
// fail("TestH5Rget_region: " + err);
|
||||
// }
|
||||
// finally {
|
||||
// try {H5.H5Sclose(dsid);} catch (Exception ex) {}
|
||||
// }
|
||||
// }
|
||||
|
||||
// @Test//
|
||||
// public void testH5Rget_attr() {
|
||||
// long loc_id = H5fid;
|
||||
// int ref_type = HDF5Constants.H5R_OBJECT2;
|
||||
// long ret_val = -1;
|
||||
// byte[] ref = null;
|
||||
// String name = "";
|
||||
// String objName = "/dset";
|
||||
//
|
||||
// try {
|
||||
// ref = H5.H5Rcreate_object(H5fid, objName, HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
|
||||
// }
|
||||
// catch (Throwable err) {
|
||||
// err.printStackTrace();
|
||||
// fail("testH5Rget_object: H5Rcreate_object " + err);
|
||||
// }
|
||||
// try {
|
||||
// dsid = H5.H5Rget_region(H5fid, HDF5Constants.H5R_DATASET_REGION, ref);
|
||||
// assertNotNull(ref);
|
||||
// assertTrue(dsid >= 0);
|
||||
// }
|
||||
// catch (Throwable err) {
|
||||
// err.printStackTrace();
|
||||
// fail("TestH5Rget_region: " + err);
|
||||
// }
|
||||
// finally {
|
||||
// try {H5.H5Sclose(dsid);} catch (Exception ex) {}
|
||||
// }
|
||||
// }
|
||||
}
|
||||
|
||||
Reference in New Issue
Block a user